O NUPEC está localizado no Bairro da Ponta da Praia em Santos, próximo à Praça Rebouças. Conta hoje com uma área de 800 m2 voltados para o desenvolvimento da pesquisa e programas educacionais.

Dentro desta área contamos com:

• quatro laboratórios (três de biologia e um de arqueologia);
• biblioteca com mais de 3.000 volumes;
• um anfiteatro com capacidade para 50 pessoas;
• sala didática com capacidade para 40 pessoas;
• área de exposição; coleção científica (biologia) com cerca de 5.000 exemplares de tubarões, raias e quimeras;
• reserva técnica (arqueologia);
• quatro sistemas de cativeiro totalizando 10.000 litros de água salgada e um tanque principal com 34.000 litros de água doce.